Die Urkirche von Baden bestand wahrscheinlich bereits seit der Mitte des 9. Jahrhunderts, die ersten urkundlichen Notizen stammen aus der Mitte des 13. Jahrhunderts und belegen eine Leutkirche, der ein Leutpriester vorstand. Damals gehörte die Kirche zum Archidiakonat Zürich und zum Dekanat Rapperswil. 1406 inkorporierte Herzog Friedrich von Habsburg die Badener Kirche in temporalibus dem Zisterzienserkloster von Wettingen. Somit hatte dieses trotz dem Widerstand des Stadtrates das Kollaturrecht über die Badener Kirche inne, und der Pfarrer unterstand dem Abt von Wettingen als Patronatsherrn.
Zur Gründung des Chorherrenstifts kam es im Gefolge der Gegenreformation, als der Einfluss des Kapuzinerklosters auf die Gläubigen immer stärker und die Ausübung der Kollatur durch Wettingen für die Stadt immer störender wurde. Die Stadt wollte sich eine Möglichkeit verschaffen, in innerkirchliche Angelegenheiten einzugreifen. Am 6. August 1624 beschlossen der Schultheiss, die beiden Räte und die Bürgerschaft von Baden die Gründung des Kollegiatstifts zu Ehren "der glorwürdigen Himmelfahrt Mariae". Die bisherigen Kaplaneipfründe wurden zu acht Chorherrenstellen zusammengelegt und der Stiftsfonds erheblich erhöht. An der Spitze des Stifts und somit der Badener Kirche stand der Probst, der wie die anderen Chorherren von Schultheiss und Rat gewählt wurde. Der Pfarrer hatte eine schwierige Stellung, denn er unterstand sowohl dem Abt wie auch dem Probst. Daraus ergaben sich langwierige Auseinandersetzungen mit Wettingen, deretwegen es erst 1648 zur bischöflichen Genehmigung der Statuten und 1650 zur bischöflichen Approbatur kam. Trotzdem wurde das Stift bereits am 7. August 1624 eröffnet, der Probst und die Chorherren eingesetzt, und am 24. August 1624 wurden die Statuten genehmigt. Bald wurde die Pfarrei vom Landkapitel Zürich-Rapperswil abgetrennt und bildete mit dem Probst, dem Pfarrer, weiteren neun Chorherren und zwei Helfern oder Kaplänen das Stiftskapitel.